Fue Fundado en 1542 por la Compañía de Jesús, siendo el primer colegio de los Jesuitas en Portugal. Era conocido como el Colegio de las Once Mil Vírgenes y en él se preparaban los misioneros para viajar a los nuevos territorios conquistados. Tras la expulsión de los Jesuitas de Portugal en 1759, se intervinieron todos los bienes del colegio y la iglesia se convirtió en la Catedral (Sé Nova) de Coimbra en 1772. En la fachada aún se conservan cuatro estatuas de santos jesuitas que recuerdan los orígenes del edificio: San Ignacio de Loyola, San Francisco Javier, San Francisco de Borja y San Luis Gonzaga.