A la izquierda del tramo entre Nájera y Santo Domingo de la Calzada, se encuentra la localidad de San Millán de la Cogolla. Esta localidad recibe el nombre porque en ella vivió un santo ermitaño llamado Millán (del latín Emiliano). Aquí nos encontramos con dos monasterios: el de Suso y el de Yuso.
Monasterio de Suso
El primero estuvo habitado por monjes mozárabes desde la época visigótica ( siglo VI) y esta ubicado sobre los lugares habitados por los ermitaños. Sus arcos de herradura nos hablan de su origen mozárabe, terminados con bóvedas separadas por arcos románicos. En la parte del atrio están las tumbas de los siete Infantes de Lara y las de las reinas navarras Tota, Ximena y Elvira. Una las cuevas adosadas al monasterio aloja la tumba de San Millán, que data del siglo XII.
En este monasterio, a finales del siglo X, se realizaron tareas de elaboración de códices, siendo uno de los más importantes de Europa. Aquí, los monjes hicieron anotaciones aclaratorias a partes de difícil interpretación. Cabe señalar que en uno de ellos aparecen palabras en romance y en vascuence. A estos escritos se les denominó Glosas Emilianenses, considerándose las primeras obras escritas en estos idiomas.
Monasterio de Yuso
El monasterio de abajo o Yuso, habitado por la orden de Agustinos Recoletos, fue construido en el siglo XI. En los siglos XVI y XVII se hace la gran obra que ha llegado hasta nuestros días. Es conocido como el Escorial de la Rioja. Su portada es barroca y está presidida por San Millán a caballo. La sacristía es barroca, el coro grecorromano y destaca un claustro gótico-renacentista. Es de gran interés la biblioteca del Monasterio con un gran número de códices y varios incunables.
En San Millán de la Cogolla vivió Gonzalo de Berceo, primer poeta de la lengua castellana, representante del llamado Mester de Clerecía.
Desde el año 1997, estos monasterios son considerados por la UNESCO como Patrimonio de la Humanidad.